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最終更新日: 2016-10-19 05:13

APBS

APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/

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最終更新日: 2017-09-09 04:51

SASHIMI

刺身プロジェクト ホスト トランス プロテオーム パイプライン (TPP)、基づく量産仕様 (MS、MS/MS) のためのツールの成熟したスイート プロテオミクス: 統計的検証、定量、視覚化、および私たちのオープン mzXML 形式に raw の MS データからコンバーター。

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最終更新日: 2009-05-11 22:56

ISPyB

高分子(タンパク質)結晶のX線実験のためのWebベースの情報管理システムです。

データベース環境: MySQL
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: POSIX (Linux,BSD,Solaris など), Windows XP
プログラミング言語: Java
トピック: SourceForge.net, 分子科学
ユーザインタフェース: Web環境
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最終更新日: 2012-07-25 21:06

u/sbmv2012

このプロジェクトの目的は、環境試料から得られた dna の分類の割り当ての自動パイプライン作成します。これらのシーケンスの分類割り当てに底生環境試料から得られた生シーケンス データを処理する python スクリプトのシリーズを開発、最終的にリレーショナル データベース内のすべてのデータを統合します。

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対象ユーザ: 科学/研究
プログラミング言語: Python
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最終更新日: 2014-08-26 05:14

picard

(ジャワ) における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。

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最終更新日: 2016-12-03 05:56

Avogadro

Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。

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最終更新日: 2017-09-07 12:24

Bowtie

Bowtieは、次世代シーケンサーから短いDNA配列(の読み取り)のための超高速でメモリ効率の良いリードアライナです。

対象ユーザ: 科学/研究
ライセンス: Artistic License
オペレーティングシステム: MacOSX, Linux, Windows XP
プログラミング言語: C++
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最終更新日: 2016-09-07 19:30

Molby - 分子モデリングソフトウェア

画面上でグラフィカルに分子モデルを組み立てるソフトウェア。Mac OS X と Windows で動作する。GAMESS, Gaussian などの計算化学ソフトウェアとの連携、組み込み Ruby インタプリタによる自動編集などの機能を持つ。 公式ホームページ: http://molby.sourceforge.jp/

開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語, 日本語
オペレーティングシステム: MacOSX, Windows XP
プログラミング言語: C, C++, Ruby
トピック: 化学, 分子力学, 分子科学
ユーザインタフェース: wxWidgets
登録日: 2010-01-21 01:18
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最終更新日: 2010-04-27 22:26

NMRShiftDB

NMRShiftDB は、化学構造と核磁気共鳴データについては、オープン ソース、オープン アクセス、オープン提出、オープン コンテンツの web データベースです。

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主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Web環境
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最終更新日: 2011-01-18 09:43

vancouvershortr

このパッケージは短い読み取り DNA シーケンシング技術で使用するためのコードが含まれているし、チップ Seq、シーケンス処理全体トランスクリプトーム散弾銃、全ゲノムの散弾銃の配列、SNP 検出、転写産物発現およびファイル変換パッケージが含まれています。

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最終更新日: 2009-05-08 11:28

AutoDock Software in Parallel with GPUs

このプロジェクトの CUDA API を使用して NVIDIA の Gpu で並列に実行する !AutoDock ソフトウェアを変更します。ユーザーがダウンロードして、コードをコンパイルし、!AutoDock CUDA 対応グラフィックス カードを使用することができます。Autodock は http://autodock.scripps.edu/に位置して

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開発状況: 4 - ベータ
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: POSIX (Linux,BSD,Solaris など), BSD
プログラミング言語: C, C++
ユーザインタフェース: コマンドライン, Console/Terminal
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最終更新日: 2017-07-26 17:46

DEEP

1995 年に片輪値段導入微分進化計算ノードごとに 1 つの枝に分かれています、人口と見なされます。差分進化完全並列メソッドは、変更することがなく、個人を生き残ったのイテレーションの数として定義されている個々 の年齢を考慮します。導入された改善は: (I) (k + 1) でいくつかの古い個人許可回支店 kth 支店、(II) 新しい選択ルールから最高のものの同じ番号で上書きすることは、子孫評価でいくつかの目的関数を使用して。この作品は SYSPATHO FP7 プロジェクト №260429 でサポートされています (http://www.syspatho.eu/)、RFBR 助成金 10-01-00627-は、11-01-00573-は、11-04-001162-は、状態と契約をロシア科学省 №14.740.11.0166 №11.519.11.6041

(機械翻訳)
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: C
ユーザインタフェース: Console/Terminal
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最終更新日: 2017-03-10 18:20

STochastic Engine for Pathway Simulation

シグナリング経路生物細胞の発生のための確率論的シミュレータ。3 D 四面体メッシュの反応拡散プロセスを処理します。

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最終更新日: 2016-07-09 03:21

LOOS

ロースは C++ で書かれた分子シミュレーション データを分析するための新しいツールを作成するための軽量オブジェクト指向ソフトウェア ライブラリです。主な設計目標は、簡単にメソッドを実装する新しい分析のカジュアルなプログラマーを許可します。

(機械翻訳)