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最終更新日: 2018-02-03 22:44

Bowtie

Bowtieは、次世代シーケンサーから短いDNA配列(の読み取り)のための超高速でメモリ効率の良いリードアライナです。

対象ユーザ: 科学/研究
ライセンス: Artistic License
オペレーティングシステム: MacOSX, Linux, Windows XP
プログラミング言語: C++
最終更新日: 2014-08-26 05:14

picard

(ジャワ) における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。

(機械翻訳)
最終更新日: 2017-10-28 12:33

APBS

APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/

最終更新日: 2017-11-23 04:16

SASHIMI

刺身プロジェクト ホスト トランス プロテオーム パイプライン (TPP)、基づく量産仕様 (MS、MS/MS) のためのツールの成熟したスイート プロテオミクス: 統計的検証、定量、視覚化、および私たちのオープン mzXML 形式に raw の MS データからコンバーター。

(機械翻訳)
最終更新日: 2016-12-03 05:56

Avogadro

Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。

最終更新日: 2015-03-07 05:42

SketchEl

様々なケムインフォマティクスアプリケーションで使用するための化学構造のスケッチツールです。MDL MOLファイルの作成と編集に適しています。

対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Java Swing
最終更新日: 2015-04-03 10:58

MZmine 2

MZmine 2 は Java で書かれた質量分析データの差分解析フレームワークです。

(機械翻訳)
対象ユーザ: 科学/研究
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Java Swing
最終更新日: 2018-03-22 08:51

Molby - 分子モデリングソフトウェア

画面上でグラフィカルに分子モデルを組み立てるソフトウェア。Mac OS X と Windows で動作する。GAMESS, Gaussian などの計算化学ソフトウェアとの連携、組み込み Ruby インタプリタによる自動編集などの機能を持つ。 公式ホームページ: http://molby.sourceforge.jp/

開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語, 日本語
オペレーティングシステム: MacOSX, Windows XP
プログラミング言語: C, C++, Ruby
トピック: 化学, 分子力学, 分子科学
ユーザインタフェース: wxWidgets
登録日: 2010-01-21 01:18
最終更新日: 2018-05-04 23:51

Toxtree: Toxic Hazard Estimation

化学物質の毒性の危険性を推定する GUI アプリケーションです。最新バージョンは、次の毒性予測モジュールを含む:-Cramer のルール (経口毒性) - Verhaar を介してアクションの毒性モード スキーム - 皮膚の炎症や目の炎症の予測 - ベニーニ/ボッサ ルールベースの変異原性および発がん性の予測-開始の生分解性と永続性の予測-皮膚感反応性ドメイン - クルースは TTC デシジョン ツリー - SMARTCyp - Cytochrome P450-Mediated 薬物代謝と代謝予測-in vivo 小核試験の構造警告アッセイの齧歯動物 (ISSMIC) で-構造アラート機能グループ識別 (ISSFUNC)-結合蛋白結合に関連する構造のアラートDNA の結合。-Ames 変異原性 Toxtree を推定への異なるアプローチを組み込むプラグイン フレームワークを提供します。プラットフォームに依存しない (Java で書かれた) 化学開発キットを使って。

(機械翻訳)
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存, OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Java Swing
最終更新日: 2017-07-26 17:46

DEEP

1995 年に片輪値段導入微分進化計算ノードごとに 1 つの枝に分かれています、人口と見なされます。差分進化完全並列メソッドは、変更することがなく、個人を生き残ったのイテレーションの数として定義されている個々 の年齢を考慮します。導入された改善は: (I) (k + 1) でいくつかの古い個人許可回支店 kth 支店、(II) 新しい選択ルールから最高のものの同じ番号で上書きすることは、子孫評価でいくつかの目的関数を使用して。この作品は SYSPATHO FP7 プロジェクト №260429 でサポートされています (http://www.syspatho.eu/)、RFBR 助成金 10-01-00627-は、11-01-00573-は、11-04-001162-は、状態と契約をロシア科学省 №14.740.11.0166 №11.519.11.6041

(機械翻訳)
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: C
ユーザインタフェース: Console/Terminal
最終更新日: 2018-06-08 05:19

ShelXle

!ShelXle エディター SHELXL 関連付けられている .ins (入力) と .res (出力) ファイルの電子密度 (Fo) と違い密度を含む 3次元構造の可視化、インタラクティブなグラフィカル表示と (Fc シリーズプラグハウジング) マップを強調構文で組み合わせたものです。J. 応用したを参照してください。(2011 年). 44、1281–1284。詳細については。

(機械翻訳)
開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 科学/研究
オペレーティングシステム: MacOSX, Linux, Windows 7, Windows Vista, Windows XP
プログラミング言語: C++
ユーザインタフェース: OpenGL, Qt
最終更新日: 2016-07-03 11:17

BioInfoServ Project

理想的な操作システム、処理および生物学的データの分析の科学者が毎日公式ビジネス処理の簡単な使用、特にカスタマイズされたシステムである !BioInfoServOS が配布されています。公式サイト: http://edu.bioinfoserv.org (edu.bioinfoserv.org)

(機械翻訳)
最終更新日: 2009-05-11 22:56

ISPyB

高分子(タンパク質)結晶のX線実験のためのWebベースの情報管理システムです。

データベース環境: MySQL
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: POSIX (Linux,BSD,Solaris など), Windows XP
プログラミング言語: Java
トピック: SourceForge.net, 分子科学
ユーザインタフェース: Web環境
最終更新日: 2018-06-14 01:12

LAMMPS

LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。