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最終更新日: 2016-10-19 05:13

APBS

APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/

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最終更新日: 2009-05-11 22:56

ISPyB

高分子(タンパク質)結晶のX線実験のためのWebベースの情報管理システムです。

データベース環境: MySQL
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: POSIX (Linux,BSD,Solaris など), Windows XP
プログラミング言語: Java
トピック: SourceForge.net, 分子科学
ユーザインタフェース: Web環境
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最終更新日: 2014-08-26 05:14

picard

(ジャワ) における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。

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最終更新日: 2016-12-03 05:56

Avogadro

Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。

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最終更新日: 2016-09-07 19:30

Molby - 分子モデリングソフトウェア

画面上でグラフィカルに分子モデルを組み立てるソフトウェア。Mac OS X と Windows で動作する。GAMESS, Gaussian などの計算化学ソフトウェアとの連携、組み込み Ruby インタプリタによる自動編集などの機能を持つ。 公式ホームページ: http://molby.sourceforge.jp/

開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語, 日本語
オペレーティングシステム: MacOSX, Windows XP
プログラミング言語: C, C++, Ruby
トピック: 化学, 分子力学, 分子科学
ユーザインタフェース: wxWidgets
登録日: 2010-01-21 01:18
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最終更新日: 2015-03-23 04:50

Toxtree: Toxic Hazard Estimation

化学物質の毒性の危険性を推定する GUI アプリケーションです。最新バージョンは、次の毒性予測モジュールを含む:-Cramer のルール (経口毒性) - Verhaar を介してアクションの毒性モード スキーム - 皮膚の炎症や目の炎症の予測 - ベニーニ/ボッサ ルールベースの変異原性および発がん性の予測-開始の生分解性と永続性の予測-皮膚感反応性ドメイン - クルースは TTC デシジョン ツリー - SMARTCyp - Cytochrome P450-Mediated 薬物代謝と代謝予測-in vivo 小核試験の構造警告アッセイの齧歯動物 (ISSMIC) で-構造アラート機能グループ識別 (ISSFUNC)-結合蛋白結合に関連する構造のアラートDNA の結合。-Ames 変異原性 Toxtree を推定への異なるアプローチを組み込むプラグイン フレームワークを提供します。プラットフォームに依存しない (Java で書かれた) 化学開発キットを使って。

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主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存, OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Java Swing
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最終更新日: 2016-07-03 11:17

BioInfoServ Project

理想的な操作システム、処理および生物学的データの分析の科学者が毎日公式ビジネス処理の簡単な使用、特にカスタマイズされたシステムである !BioInfoServOS が配布されています。公式サイト: http://edu.bioinfoserv.org (edu.bioinfoserv.org)

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最終更新日: 2015-08-25 06:59

aisconvert

遺伝データを処理するためのツールキットです。現在サポートする (コマンドライン): 半 IBD (降下によってアイデンティティ) 別名 HIRs - (距離とで cM); ファイルの 2 または任意の数の間RAW2PED、PED2RAW の変換;homozygousity と他のコンバーターの地域。

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対象ユーザ: 先進的ユーザ, 科学/研究
オペレーティングシステム: OS非依存, OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: コマンドライン
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最終更新日: 2007-06-07 03:42

NOCH

NOC はオープン ソース開発ツールキットおよび表示、タンパク質構造の可視化、解析、結晶学的マッピング、モデリング、および洗練された、Gromacs/アンバー MD 軌道の強力な分子エクスプ ローラー映画作り.

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最終更新日: 2011-12-10 06:18

tem-simulator

フルティルト シリーズ生物試料の透過電子顕微鏡像のシミュレーション。

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最終更新日: 2016-09-27 18:49

ERmod

ERmod (エネルギー表現モジュール) は、エネルギー表示法による溶媒和自由エネルギーを計算するためのプログラム (j. 化学物理 113、6070 (2000))。プログラムは、不均一系を含む、任意の溶剤の溶媒和自由エネルギーを計算することができる、NAMD、GROMACS やオレンジなどの最先端の分子シミュレーション ソフトウェアとの連携で実行することができます。

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最終更新日: 2016-01-17 11:42

PyRx - Virtual Screening Tool

!PyRx は、潜在的な創薬ターゲットに対する化合物のスクリーン ライブラリを使用することができます計算の薬剤の発見のための仮想スクリーニング ソフトウェアです。!PyRx 有効に薬効がある化学者を任意のプラットフォームから仮想スクリーニングを実行してデータの準備ジョブの送信と結果の分析から - このプロセスの各ステップでユーザーに役立ちます。それは魔法のボタンある創プロセスでない場合は true ですが、!PyRx にはドッキング ウィザードとそれにコンピューター支援薬物設計のための貴重なツールを使いやすいユーザー インターフェイスが含まれます。!PyRx にはまた化学のスプレッドシートのような機能と合理的な薬剤設計に不可欠な強力な可視化エンジンが含まれています。!PyRx ホーム ページ !PyRx や動画を見るそれを使用する方法についての詳細を学ぶために訪問してください。

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データベース環境: SQLite
対象ユーザ: 健康産業, 科学/研究
プログラミング言語: Python
ユーザインタフェース: wxWidgets
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最終更新日: 2016-12-19 22:56

genomecomb

Genomecomb は、完全なゲノム情報の解析用パッケージです。比較、注釈、特に完全なゲノム配列決定の結果をフィルター処理するために使用することができます。

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対象ユーザ: 科学/研究
オペレーティングシステム: Linux
プログラミング言語: AWK, C, Tcl
トピック: SourceForge.net, 分子科学
ユーザインタフェース: コマンドライン
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最終更新日: 2010-04-27 22:26

NMRShiftDB

NMRShiftDB は、化学構造と核磁気共鳴データについては、オープン ソース、オープン アクセス、オープン提出、オープン コンテンツの web データベースです。

(機械翻訳)
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Web環境