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遺伝子情報科学
392 件のプロジェクトが条件に合致します
最終更新日: 2014-10-27 18:13

BMF

BMF はサーバー プラットフォームもオープン ソースの web アプリケーションを作成するための Java 言語で開発されたソフトウェア フレームワークである臨床、管理およびヘルスケアの会社のための管理。

(機械翻訳)
データベース環境: JDBC, Microsoft Access, IBM DB2, MySQL, Oracle
開発状況: 6 - 成熟
主要対話語: 英語, イタリア語
オペレーティングシステム: J2ME (Java Platform, Micro Edition)
プログラミング言語: JSP, Java, JavaScript, PL/SQL
ユーザインタフェース: Web環境
最終更新日: 2007-09-26 00:09

RasTop

!RasTop は蛋白質、核酸、人気 Rasmol ソフトウェアに基づいて小分子の可視化分子グラフィック プログラムです。プログラムは、急速な可視化と分子の解析を目指しています。

(機械翻訳)
最終更新日: 2012-01-27 08:23

vcemed

このプロジェクトは、実装の仮想共同作業環境 (VCE) 医学の臨床応用の 3 D モデリングをサポートします。システムは 3 層クライアント/サーバ ・ アーキテクチャに基づいています。

(機械翻訳)
データベース環境: MySQL
開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 健康産業
プログラミング言語: C++, PHP
ユーザインタフェース: Qt
最終更新日: 2009-04-17 12:44

R

Rは言語であり、統計的な計算やグラフィックのための環境です。Rはベル研究所のJohn Chambersらによって開発されたSに似ています。Rは統計的あるいはグラフィカルな様々な技術(線形/非線形モデリング、統計的テスト、時系列解析、分類、クラスタリングなど)を提供します。Rは繰り返し、条件分岐の制御フロー構造を備えた真のコンピュータ言語として設計されており、新しい関数を定義する事によって機能を追加することができます。負荷の大きい計算タスクを扱う場合、FortranとCのコードをランタイムでリンクして呼び出すことが出来ます。

最終更新日: 2015-06-12 00:10

mspp

質量分析計から得られるデータを解析/表示するためのプログラム『Mass++』の、オープンソース版開発・メンテナンス計画です。 Mass++は2006年、JST(科学技術振興機構)の戦略的創造研究推進事業(CREST)予算によって開発が開始され、2010年からは内閣府・最先端研究開発支援プログラム(FIRST)予算によって開発が続けられました。 2015年3月からMass++はオープンソース化され、3条項BSDライセンスのもとでソースコードが公開されました。今後、このオープンソース版Mass++の開発とメンテナンスは、このサイトを拠点に行われる予定です。

データベース環境: PostgreSQL (pgsql), SQLite
開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語, 日本語
オペレーティングシステム: Windows 7
プログラミング言語: C#, C++
トピック: 遺伝子情報科学
ユーザインタフェース: .NET/Mono, wxWidgets
登録日: 2015-02-24 21:51
最終更新日: 2014-06-05 14:28

Wandora

Wandoraは、Topic MapsとJavaに基づく汎用のデータ抽出、管理、および公開アプリケーションです。Wandoraはグラフィカルユーザーインターフェイス、知識の階層表示、いくつかのデータストレージオプション、豊富なデータの抽出、インポートとエクスポート機能、Topic Mapsの動的公開できるようにする組み込みのHTTP サーバを持っています。Wandora は迅速なオントロジー構築と知識のマッシュアップに最適です。

オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Java
最終更新日: 2020-10-10 03:43

BBMap

このパッケージには、BBMap には、短いリードのアライナ、様々 な他 bioinformatic ツールが含まれます。それは純粋な Java で書かれて任意のプラットフォーム上で実行することができ、持たない依存関係よりもインストールされている Java (Java 7 向けにコンパイルされたが、再コンパイルして実行できる Java 6 に)。すべてのツールは、効率的かつマルチ スレッドです。BBMap: 短い DNA と RNA seq データのアライナを読みます。足場の何百万と任意の大きさのゲノムを扱うことができます。イルミナ, !PacBio, 454、およびその他の読み取りを処理します。非常に高い感度とエラーと大多数の indels の耐性。BBNorm: 造営尺度に基づく誤り訂正と正規化ツールです。ターゲット パーセント id を共有して重複している、または含まれるサブシーケンスを重複除外: アセンブリ簡素化されます。フォーマット: 再フォーマットを読み取ります fasta と fastq、スカーフ、fasta + qual、サム。インターリーブ/ペア;ASCII 33/64、以上 500 MB/s. BBDuk で: フィルターまたはトリム アーティファクト/汚染ファイルに造営尺度試合で読み取ります。共同ゲノム研究所によって使用されます。

(機械翻訳)
対象ユーザ: 科学/研究
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: BSD, SunOS/Solaris, Windows, Windows XP
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Console/Terminal
最終更新日: 2020-06-01 00:48

APBS

APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/

最終更新日: 2009-03-11 20:55

ploticus

PLOTICUSは棒グラフ、折れ線グラフ、円グラフ、箱ひげ図、散布図、スイープ、ヒートマップ、ベクトル、タイムライン、ベン図、および他のタイプのグラフを生成し、プロットするためのコマンドラインユーティリティです。PLOTICUSはグラフの自動もしくはジャストインタイム生成に有用です。また日付、時刻、およびカテゴリーデータを素敵に処理し、いくつかの基本的な統計機能を有しています。GIF、PNG、SVG、SWF、JPEG、PostScript、EPS、およびX11に出力できます。あなたが便利な設定オプションを使用したり、豊かで詳細な色とスタイルの操作で複雑なスクリプトを作成したりすることもできます。

最終更新日: 2007-04-25 03:19

Engauge Digitizer

Engaugeデジタイザは、グラフや地図のイメージを数値に変換するソフトウェアです。イメージファイルは、スキャナから、デジタルカメラ、またはスクリーンショットから取り込むことができます。数値は、画面上で読むことができますし、スプレッドシートにコピーすることもできます。初心者の方にもやさしい直感的なインターフェイスや状況に応じたヘルプ画面の表示を備えています。また、専門家のための機能として、画像の歪み補正、さまざまな座標への対応(直線座標、曲座標、線形、対数)、自動スキャン機能、グラフィカルなプレビュー機能があり、詳細なヘルプも用意されています。

最終更新日: 2014-04-02 15:30

openModeller

openModeller は、さまざまなアルゴリズムを使用して生態学的ニッチなモデリングのためのツールと API を提供する C++ フレームワークです。ジオリファレンスの出現ポイントのセットと一連の環境レイヤーに基づく種の潜在的な分布の予測に使用できます。

(機械翻訳)
最終更新日: 2014-05-21 18:22

mcl-edge

MCL エッジは、大規模ネットワーク分析の統合、コマンドライン駆動のワークベンチです。直径、クラスター係数、トポロジー、およびネットワークのごまかしの最短経路の計算のためのプログラムが含まれています。読み込みおよびネットワークの定める遺伝子発現データを分析するためのモジュール。MCL アルゴリズムは確率的フローに基づくネットワークの高速かつ拡張性の高いクラスター アルゴリズムです。アルゴリズムによって採用フロー プロセスは数学的に音と本質的にプロセスの跡として明らかにされるクラスター構造に結びついています。スレッドの実装では、時間以内に何百万ものノードのネットワークが処理し、バイオインフォマティクス、グラフ クラスタ リング、およびネットワーク解析の分野で広きます。

(機械翻訳)
オペレーティングシステム: POSIX (Linux,BSD,Solaris など)
プログラミング言語: C
最終更新日: 2010-12-07 21:51

BALL

生化学的アルゴリズム ライブラリ (ボール) は、分子モデリングと構造バイオインフォマティクスで迅速なアプリケーション開発用のフレームワークです。ボールは分子力学、溶媒和メソッド、比較および蛋白質の構造、ファイルのインポート/エクスポート、NMR シフト予測と可視化の解析を高度なデータ構造体とクラスの広範なセットを提供します。その拡張性が高いオブジェクト指向、汎用プログラミング アプローチから。

(機械翻訳)
最終更新日: 2014-02-17 20:04

SHOGUN

SHOGUNは大規模なカーネル法、特にサポートベクトルマシン(SVM)に重点をおいた機械学習のツールボックスです。様々な種類のSVM実装について汎用のSVMオブジェクトインタフェースを提供し、すべて内部では効率的なカーネル実装を利用します。SVMとリグレッションの他に、SHOGUNは線形判別分析(LDA)、線形計画マシン(LPM)、(カーネル) パーセプトロン、隠れマルコフモデルの学習アルゴリズムも備えています。SHOGUNはC++、Matlab、R、Octave、Pythonで利用可能です。

最終更新日: 2005-04-29 13:55

libmba

libmbaパッケージは、任意のプロジェクトに有用な可能性がある殆ど独立したCモジュールのコレクションです。リンクリスト、ハッシュマップ、プール、スタック、配列を含む通常のADTs、柔軟なメモリアロケータ、CSVパーサー、パス正規化ルーチン、国際化テキストの抽象化、設定ファイルモジュール、ポータブルなセマフォ、条件変数等があります。コードは、個々のモジュールが既存のコードベースへの統合ではなく、ライブラリ全体にコミットするユーザに必要とされるよう設計されました。コードはtypedefを使わず、いくつかのコメント、および広範なマニュアルページを持ち、HTMLドキュメント化しています。