BBMap

プロジェクト概要

このパッケージには、BBMap には、短いリードのアライナ、様々 な他 bioinformatic ツールが含まれます。それは純粋な Java で書かれて任意のプラットフォーム上で実行することができ、持たない依存関係よりもインストールされている Java （Java 7 向けにコンパイルされたが、再コンパイルして実行できる Java 6 に)。すべてのツールは、効率的かつマルチ スレッドです。BBMap: 短い DNA と RNA seq データのアライナを読みます。足場の何百万と任意の大きさのゲノムを扱うことができます。イルミナ, !PacBio, 454、およびその他の読み取りを処理します。非常に高い感度とエラーと大多数の indels の耐性。BBNorm: 造営尺度に基づく誤り訂正と正規化ツールです。ターゲット パーセント id を共有して重複している、または含まれるサブシーケンスを重複除外： アセンブリ簡素化されます。フォーマット： 再フォーマットを読み取ります fasta と fastq、スカーフ、fasta + qual、サム。インターリーブ/ペア;ASCII 33/64、以上 500 MB/s. BBDuk で: フィルターまたはトリム アーティファクト/汚染ファイルに造営尺度試合で読み取ります。共同ゲノム研究所によって使用されます。