本家チケット 3494 の修正として 2014.4 で対応されたと思います。
以下、changes の日本語説明:
Internet Explorer などの MSHTML コントロール(多くの Windows 8 アプリケーションにも含まれます)において、マウス追跡およびタッチ探索が、高解像度ディスプレイの場合やドキュメントのズーム倍率が変更された場合に不適切に動作していた問題に対応しました。(3494)
Windows 7 + IE 11 + NVDA日本語テスト版で確認しましたが、まだ解決していないようです。
NVDA + F1 を押して出てくる devInfo が、拡大前の location になるようです。
遅くなりましたが 2015.2jp で直っていることを確認したのでクローズします。
Windows 7 + Internet Explorer 10 の拡大表示でフォーカスハイライトの位置がずれる現象をご報告いただき、再現しました。
Windows 8.1 + Internet Explorer 11 でも同様でした。
NVDA 2013.2jp + Focus Highlight 1.0-dev (本家アドオンサイトの開発版、バージョン表示は 0.0.5 になっています)で確認しています。
IE がオブジェクトの座標を NVDA に通知するときに、拡大しない場合の座標がそのまま通知されているためと思われます。
フォーカスハイライトの修正ではなく、NVDA または IE 側の改良が必要と思われます。
申し訳ありませんがご了承ください。