Molby - 分子モデリングソフトウェア

Fork

バージョン 0.6.3 を公開しました。
- LAMatrix クラスのドキュメントを作成。
- 量子化学計算ソフトウェアとの連携のドキュメントを作成。
- CIFファイルから読み込んだ座標値・異方性温度因子・セルパラメータの標準偏差を mbsf ファイルに保存するようにした。
- Ruby コマンド新設: Molecule#fit_coordinates, Molecule#amend_by_symmetry, Molecule#set(get)_view_center, Molecule#hidden_atoms, Molecule#set_hidden_atoms, Molecule#charge, Kernel#lookup_menu
- Bond, angle などのテーブルから分子力学パラメータを編集するとき、Universal Force Field (UFF) で力の定数を見積もる機能をつけた。
- 分子力学パラメータを原子のインデックスで指定できるようにした（実はもともとあった機能だが、分子を編集してもパラメータが維持されるようになった）。
- その他バグ修正（ChangeLog を参照）

Version 0.6.3 is out.
- Document for the LAMatrix class was written.
- Document for the collaboration with other quantum chemistry softwares was written.
- Mbsf files now retain sigmas for the crystallographic parameters (imported from CIF).
- New Ruby commands: Molecule#fit_coordinates, Molecule#amend_by_symmetry, Molecule#set(get)_view_center, Molecule#hidden_atoms, Molecule#set_hidden_atoms, Molecule#charge, Kernel#lookup_menu
- When the MM parameters are edited from the bond/angle table, the force constant can be guessed by Universal Force Field (UFF).
- The MM parameters can now be specified by explicit atom indices.
- Other bug fixes (see the change log).