Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2007年 9月 27日 (木) 00:48:55 JST
g. 1.7.5リリースしました。 リファクタリングが中心です。1.8.x系は基本的にインラインドキュメント の整備とコード最適化にする予定なので、大規模な変更は1.7.x系で すませたいと思っています。 主な変更点は以下の通り。 ===== v.1.7.5 2007.09.26 ===== *added $gb->around_startcodon() and $gb->around_stopcodon() *removed G::Seq::Eliminate::eliminate_pat(). try the following instead: foreach $cds ($gb->cds()){ next if ($gb->around_startcodon($cds, 50, 50) =~ /pattern/); } *removed G::Seq::Eliminate::valid_CDS(). try the following instead: foreach $cds ($gb->cds()){ my $genelength = length($gb->get_geneseq($cds)) next if ($genelength > 10000 || $genelength < 20); } *moved G::Seq::Eliminate::eliminate_atg to G::Seq::Util::filter_cds_by_atg. G::Seq::Eliminate is deprecated. *removed maskseq, pasteseq, cds_echo, print_gene_function_list, atgcon from G::Seq::Util *removed find_identical_gene, pseudo_atg from G::Seq::ORF *fixed new G("file", "longest orf annotation"); *moved and rewritten longest_ORF to G::Seq::Util. G::Seq::ORF is now removed. *G::Tools::(PBS|H2v|EPCR) are now deprecated. *G::System::STeP is now deprecated. Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099