Teppei Kinoshita
kinos****@yasun*****
2014年 6月 27日 (金) 19:08:08 JST
eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、6月27日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) mrcImagePCAから粒子の幅を取得(単粒子解析) (1-1)mrcImagePCAのアルゴリズムを調査(下記のように認識しました) ・各ファイルについて、画素データの共分散(予め平均を0にする)を計算し、行列にする。 ・共分散の行列について固有値を計算する(大きい順にソートする) ・固有値から固有ベクトル(固有画像)を求める。 ・この固有画像はオプション-Eの出力ファイルとして固有値が大きい順に出力される。 (固有値はオプション-Oに出力される) ・オプション-oの出力ファイルは画像と固有画像を掛けたもので固有値の大きい順に並べられている。 他のオプションに関してよく分からないところがありましたので、 フォーラムに「【単粒子解析】mrcImagePCAに関する疑問点」として挙げさせて頂きました。 お手数ですが、ご回答をよろしくお願いします。 (2) 他のドキュメント (2-1) 投影の項目を追加 (2-2) 主成分分析の項目を追記 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 単粒子解析: ２次元単粒子解析、参照画像の作成を編集予定 API説明(一旦完了): 414件(随時追加します) 電子線トモグラフィー: 編集項目見直し Small Tool: 現状、低優先(上記に関連したコマンドを追記する方針) ドキュメントの内容にて何かありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 引き続き、ROIファイルから幅の算出方法を考えます。 まずはmrcImagePCAから主成分画像(固有画像)を出力して、分布を作ってみようかと思います。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平
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