サクラエディタ

サクラエディタは文字コードの自動判別を行います。ときどきは間違えますが、頻繁であれば次のような理由がないか考えます。

1. いわゆる半角英数文字だけがファイルに含まれている。
2. エディタの履歴に UTF-8 で開いた記録が残っている。

1 について。
「!"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~」という文字とスペース、タブ、改行だけで構成されるテキストファイルは Shift_JIS で保存しても UTF-8 で保存しても全く同一のデータになり、区別できません。区別できないときにどのエンコーディングが優先されるかは決まっていますが、[タイプ別設定]>[ウィンドウ]>[デフォルトの文字コード] で SJIS を選んでおくと、問題がない限りいつでも SJIS で開かれるはずです。タイプ別設定というのは拡張子に応じて複数存在する設定ですから、問題のファイルを開いた状態でタイプ別設定を変更すると確実です。

2 について。
以前に同じ名前のファイルを UTF-8 で開いた記録が残っていると、問題がない限り UTF-8 で開こうとします。むしろ人間の目には多少文字化けしているように見えても、Shift_JIS のファイルを UTF-8 で開こうとします。[設定]>[履歴の管理]>[ファイル] の一覧から問題のファイル名を削除してしまうのが簡単です。

これ以外の理由があるとなると自分にはわかりません。