POPFile(自動メールフィルター)の日本語化

バージョン番号から推測するに、クイックPOPFile (http://www.quickpopfile.jp ) とおもいます。
そちらでサポートの契約がある場合にはそちらにおたずねになられてはいかがでしょう。

>> この場合、POPFile ユーザインターフェースの設定タブで「POP3 同時接続の許可」を「はい」に変更することによって　　－－＞この機能は見あたらないですが

おそらく画面はクイック POPFile の画面をさしていると思われますが、こちらの設定はウェブブラウザから確認、変更ができます。

http://localhost:8080/security

バージョンからすると、本多さんも書かれているとおり、
おそらくクイックPOPFile をお使いなのですね。
もし有償バージョンをご利用でしたら、サポートに連絡
してみるのがよいと思います。

クイックPOPFile で POPFile UI を表示させるには、
タスクトレイのクイックPOPFile のアイコンを右クリックし、
メニューから設定→POPFile UI とたどればいいようです。

すると、警告があらわれます。POP3 同時接続の設定を変更
した場合にクイックPOPFile の動作に支障がないかどうかは
ちょっとわかりませんので、もし不都合があればこの設定
ではだめなのかもしれません。

> メールチェックしてます。。。からタイムアウトになります。

エラーのダイアログに「詳細」というようなボタンは
ありませんか？　それをクリックするともう少し細かな
メッセージが表示されるかもしれません。
あるいは、ウィンドウの右下のほうに「エラー」というような
表示が出ているようでしたら、それをクリックしてから
「詳細」ボタンを探してみてください。

他のアカウントを除けばメールの受信ができるようですから、
アカウント固有の問題というわけではなさそうですね。

まずは、「POP3 同時接続」の設定を変更して様子を見てみて
ください。