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50 件のプロジェクトが条件に合致します
最終更新日: 2014-08-26 05:14

picard

(ジャワ) における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。

(機械翻訳)
最終更新日: 2017-03-31 04:38

LAMMPS

LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。

最終更新日: 2015-08-24 22:39

mzmatch

mzMatch は小さなコマンドライン ツール メタボロミクス データ分析の特定の Java コレクションです。ツールは、質量分析の特定の機能と PeakML ファイル形式へのアクセスを提供する PeakML コア ライブラリの上に構築されます。

(機械翻訳)
開発状況: 4 - ベータ
対象ユーザ: 開発者, 科学/研究
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: C, Java, S/R
ユーザインタフェース: Java SWT
最終更新日: 2012-07-25 21:06

u/sbmv2012

このプロジェクトの目的は、環境試料から得られた dna の分類の割り当ての自動パイプライン作成します。これらのシーケンスの分類割り当てに底生環境試料から得られた生シーケンス データを処理する python スクリプトのシリーズを開発、最終的にリレーショナル データベース内のすべてのデータを統合します。

(機械翻訳)
対象ユーザ: 科学/研究
プログラミング言語: Python
最終更新日: 2017-07-11 03:53

Gabedit

Gabeditは、Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, Mopac2007, Orca, PC Gamess, そして Q-Chemといった計算化学パッケージのためのグラフィカルユーザーインターフェイスです。

最終更新日: 2016-11-22 17:43

BioNLP-Corpora

BioNLP コーパスは biomedically と言語的コーパスと医用データ ソースのリポジトリです。このプロジェクト内の別々 のパッケージで利用できる多くのリソースがあります。

(機械翻訳)
最終更新日: 2009-05-01 07:15

cnsFace

cnsFace は、結晶解析や NMR システムのための GUI です。

(機械翻訳)
開発状況: 2 - プレ アルファ
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Python
トピック: SourceForge.net, 分子科学
ユーザインタフェース: wxWidgets
最終更新日: 2016-07-09 03:21

LOOS

ロースは C++ で書かれた分子シミュレーション データを分析するための新しいツールを作成するための軽量オブジェクト指向ソフトウェア ライブラリです。主な設計目標は、簡単にメソッドを実装する新しい分析のカジュアルなプログラマーを許可します。

(機械翻訳)
最終更新日: 2017-03-10 18:20

STochastic Engine for Pathway Simulation

シグナリング経路生物細胞の発生のための確率論的シミュレータ。3 D 四面体メッシュの反応拡散プロセスを処理します。

(機械翻訳)
最終更新日: 2017-07-26 17:46

DEEP

1995 年に片輪値段導入微分進化計算ノードごとに 1 つの枝に分かれています、人口と見なされます。差分進化完全並列メソッドは、変更することがなく、個人を生き残ったのイテレーションの数として定義されている個々 の年齢を考慮します。導入された改善は: (I) (k + 1) でいくつかの古い個人許可回支店 kth 支店、(II) 新しい選択ルールから最高のものの同じ番号で上書きすることは、子孫評価でいくつかの目的関数を使用して。この作品は SYSPATHO FP7 プロジェクト №260429 でサポートされています (http://www.syspatho.eu/)、RFBR 助成金 10-01-00627-は、11-01-00573-は、11-04-001162-は、状態と契約をロシア科学省 №14.740.11.0166 №11.519.11.6041

(機械翻訳)
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: C
ユーザインタフェース: Console/Terminal
最終更新日: 2009-05-08 11:28

AutoDock Software in Parallel with GPUs

このプロジェクトの CUDA API を使用して NVIDIA の Gpu で並列に実行する !AutoDock ソフトウェアを変更します。ユーザーがダウンロードして、コードをコンパイルし、!AutoDock CUDA 対応グラフィックス カードを使用することができます。Autodock は http://autodock.scripps.edu/に位置して

(機械翻訳)
開発状況: 4 - ベータ
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: POSIX (Linux,BSD,Solaris など), BSD
プログラミング言語: C, C++
ユーザインタフェース: コマンドライン, Console/Terminal
最終更新日: 2011-01-18 09:43

vancouvershortr

このパッケージは短い読み取り DNA シーケンシング技術で使用するためのコードが含まれているし、チップ Seq、シーケンス処理全体トランスクリプトーム散弾銃、全ゲノムの散弾銃の配列、SNP 検出、転写産物発現およびファイル変換パッケージが含まれています。

(機械翻訳)
最終更新日: 2010-04-27 22:26

NMRShiftDB

NMRShiftDB は、化学構造と核磁気共鳴データについては、オープン ソース、オープン アクセス、オープン提出、オープン コンテンツの web データベースです。

(機械翻訳)
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: OS非依存
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Web環境
最終更新日: 2009-11-01 23:10

GSLtools

第三の生命鎖である「糖鎖」の質量スペクトルを解析するソフトウェアを開発するプロジェクトです。MALDI-TOF MSやESI-MSなどの質量分析器のデータからタンパク質の分子構造を同定するMS-fitやMascotの様なソフトウェアの技術を応用し開発しています。本プロジェクトにより、バイオインフォマティクス分野において、糖鎖関連の研究が活発化することを期待しています。

本プロジェクトのソフトウェアは下記のサイトに公開しています。 http://www.gsltools.sk.ritsumei.ac.jp/jpn.htm

開発状況: 4 - ベータ
ライセンス: Apache License V2.0
主要対話語: 英語, 日本語
オペレーティングシステム: MacOS, Linux, Windows
プログラミング言語: Java
ユーザインタフェース: Java Swing, Web環境
登録日: 2009-10-25 12:24

MolDS

MolDS("Mol"ecular "D"ynamics simulation package with "S"emiempirical quantum chemistry)を作っています.まだVer. 0.xの開発中ですので, 正式なtarballの配布はしていませんが,ソースコードは以下のSVNリポジトリから誰でも取得できます.



Ver. 0.4(開発中): http://svn.sourceforge.jp/svnroot/molds/trunk
Ver. 0.3.1: http://svn.sourceforge.jp/svnroot/molds/tags/0.3.1
Ver. 0.3: http://svn.sourceforge.jp/svnroot/molds/tags/0.3.0
Ver. 0.2: http://svn.sourceforge.jp/svnroot/molds/tags/0.2.0
Ver. 0.1: http://svn.sourceforge.jp/svnroot/molds/tags/0.1.0

開発状況: 3 - アルファ
主要対話語: 英語
オペレーティングシステム: Linux
プログラミング言語: C++
トピック: 化学, 分子科学, 物理学
ユーザインタフェース: コマンドライン
登録日: 2011-09-23 01:31