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Pathomx は、メタボロームおよび他オミックス データセットの分析のためのワークフロー ベースのツールです。インタラクティブな視覚的、拡張可能な、インテリジェントで任意の使用のため無料です。それすることができます動的に対話型のエディターを使用してビルド解析ワークフロー。ドラッグ アンド ドロップ プラグイン ツールを通じて、分析を実行する完全なワークフローを作成する間の接続。データをロードして、自動的に処理できるし、ツールを接続するだけで新しいアプローチをテストします。

ホットフォルダーのパイプラインを使用してシステムの自動化を簡素化する新しいアプローチを提供する Apache Ant の !AntFlow に基づいて、特定のタスクを実行するために一緒に連鎖。XML を使用して、データ転送、暗号化、またはローカル システム上のディレクトリで処理する XML など自動化されたタスクに関連付けられます。ファイルがコピーまたはホット フォルダーに書き込まれる、ときに関連付けられているタスクが実行され、ファイルはさらに処理するため、パイプライン内の次のホット フォルダーに移動します。

PCP （パターン分類プログラム） は機械学習パターンの教師付き分類のためのプログラムです。対話型実行され、バッチ モード、および実装する学習アルゴリズムとメソッド次のマシン： k-means クラスタ リング, Fisher の線形判別, 特異値分解、主成分分析、機能のサブセットの選択、ベイズ誤り推定、パラメトリック識別器 (線形と二次)、疑似逆の線形判別、k 近傍法、ニューラル ネットワーク、アルゴリズム サポート ベクトル マシン (SVM)、SVM のためのモデル選択を用いた次元低減クロス検証と分類 （委員会） を袋詰め。

Bioperl は、バイオインフォマティクス用 Perl モジュールのセットです。それにはシーケンス、シーケンスは、上の機能、およびその他の重要なバイオインフォマティクス属性のオブジェクトが含まれます。

拡張マークアップ言語 (VTD XML) の仮想トークン記述子は、レーザガス XML 仮想トークン記述子 (VTD) と呼ばれる手法の解析を中心に効率的な XML 処理技術の集合を指します。視点に応じて VTD XML は、XML パーサー、ネイティブ XML インデクサーまたはテキスト XML、XML コンテンツの修飾子を増分、XML スライサー/スプリッター/アセンブラー、または XML エディター/消しゴムを強化するためにバイナリ データを使用するファイル形式として表示できます。

Python ライブラリ GML のようなフォーマット Pajek、Cytoscape およびその他の人気のあるグラフで使用されるもののように多くの異なるフォーマットからのネットワークを変換します。また、ネットワークに実験データを統合するためにサポートしています。

Http://www.shervinemami.co.cc/で Shervin Emami のウェブサイトのホストとサンプル コードをファイルします。

KNOB (Knoppix for Bio) project は、Knoppix をベースとして、Bioinformatics の学習や研究用にカスタマイズされた Knoppix を作成します。

GSA SNP は SNP データとして遺伝子とハプロタイプのデータを処理することができます、遺伝子セットの解析ソフトウェアです。

!PyRx は、潜在的な創薬ターゲットに対する化合物のスクリーン ライブラリを使用することができます計算の薬剤の発見のための仮想スクリーニング ソフトウェアです。!PyRx 有効に薬効がある化学者を任意のプラットフォームから仮想スクリーニングを実行してデータの準備ジョブの送信と結果の分析から - このプロセスの各ステップでユーザーに役立ちます。それは魔法のボタンある創プロセスでない場合は true ですが、!PyRx にはドッキング ウィザードとそれにコンピューター支援薬物設計のための貴重なツールを使いやすいユーザー インターフェイスが含まれます。!PyRx にはまた化学のスプレッドシートのような機能と合理的な薬剤設計に不可欠な強力な可視化エンジンが含まれています。!PyRx ホーム ページ !PyRx や動画を見るそれを使用する方法についての詳細を学ぶために訪問してください。

バイオインフォマティクスのためのソフトウェアシステム、G-language Genome Analysis Environment（http://www.g-language.org/）の日本のユーザのための意見交換・ドキュメントの整備などを行う。

JAMBO (Japan EMBOSS Users Group)は、オープンソースのBioinformaticsツールであるEMBOSSに関する情報提供や関連ドキュメントの翻訳などを行うためのプロジェクトです。