• R/O
  • HTTP
  • SSH
  • HTTPS

Molby: コミット

Molecular Modeling Software


コミットメタ情報

リビジョンbb2938f41ceebf9fcc9c2df7ff6cd52f58291aa2 (tree)
日時2014-03-26 09:01:22
作者toshinagata1964 <toshinagata1964@a2be...>
コミッターtoshinagata1964

ログメッセージ

Document: the Japanese version of the Steps 8 and 10 are completed.

git-svn-id: svn+ssh://svn.sourceforge.jp/svnroot/molby/trunk@510 a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c

変更サマリ

差分

--- a/Documents/src/doc_source.html
+++ b/Documents/src/doc_source.html
@@ -1723,40 +1723,41 @@ UFF パラメータの設定にはもう一つ大切な作業があります。"
17231723 </p>
17241724 <p><img src="../etc/ferro_05.png" /></p>
17251725 <p>
1726-Rotate the ring to show the "side view" of the ring, while keeping the pi anchor barely visible. Create a bond from the pi anchor to a new atom. Change the new atom to Fe.
1726+環を回転させて、横から見た向きにします。Pi anchor はぎりぎり見えるようにしておきます。Pi anchor から結合を出して、新しい原子を作ります。新しい原子を Fe に変えます。
17271727 </p>
17281728 <p><img src="../etc/ferro_06.png" /><img src="../etc/ferro_07.png" /><img src="../etc/ferro_08.png" /></p>
17291729 <p>
1730-Copy the cyclopentadienyl ring and the pi anchor, and paste in the same window. Place the new ring to the appropriate position, and bond the Fe atom and the new pi anchor.
1730+シクロペンタジエニル環と pi anchor をコピーして、同じウィンドウ内にペーストします。新しい環を Fe 原子をはさんで反対側に移動し、新しい pi anchor と Fe 原子を結合させます。
17311731 </p>
17321732 <p><img src="../etc/ferro_09.png" /><img src="../etc/ferro_10.png" /><img src="../etc/ferro_11.png" /></p>
17331733 <p>
1734-Finally, make a bond between the two pi anchors. This is necessary to describe the barrier for ring rotation. The anchor-anchor bond is shown as a half-transparent green stick.
1734+最後に、2つの pi anchor の間に結合を作ります。これは、環の回転障壁を正しく見積もるために必要になります。Anchor 同士の結合は、半透明の緑色で示されます。
17351735 </p>
1736-<p class="note">The ring rotation can be described as a dihedral term in the form of "ring atom"-"pi anchor"-"metal"-"X". However, in the case of a linear metallocene, "X" is the other pi anchor. Since the "pi anchor"-"metal"-"pi anchor" angle is always close to 180 degree, the dihedral angle cannot be defined. For this reason, the linear metallocene requires special treatment of the dihedral term in the form of "ring atom"-"pi anchor"-"pi anchor"-"ring atom". That is why we need to make a bond between two pi anchors. This is not the case for the bent metallocenes (like Cp<sub>2</sub>TiCl<sub>2</sub>), or half-sandwich complexes.
1736+<p class="note">
1737+環の回転は「環の原子-pi anchor-金属-他の原子」という二面角項で表されます。メタロセンの場合、「他の原子」はもう一つの pi anchor になります。ところが、直線型のメタロセンだと、「pi anchor-金属-pi anchor」の角度は常に 180°付近であるため、二面角を正しく定義することができません。このため、直線型メタロセンでは、特別に「環の原子-pi anchor-pi anchor-環の原子」という二面角で環の回転を表現します。この理由で、2つの pi anchor の間に結合を作る必要があるのです。曲がったメタロセン (Cp<sub>2</sub>TiCl<sub>2</sub> など) や、ハーフサンドイッチ型の錯体では、このような扱いは不必要です。
17371738 </p>
17381739 <p><img src="../etc/ferro_12.png" /></p>
17391740 <p>
1740-Now we can go on to the UFF dialog as before. This time, we skip the "non-metal fragments" part, because Antechamber cannot handle cyclopentadienyl anion. Our cyclopentadienyl ring already has correct atom types, so we will use them as they are.
1741+ここからは、前と同じように UFF のダイアログを使うことが出来ます。今回は、"non-metal fragments" の計算は省略します。Antechamber はシクロペンタジエニルアニオンを正しく取り扱うことができないためです。私たちのシクロペンタジエニル環はすでに正しい原子タイプを持っていますので、これをそのまま使います。
17411742 </p>
17421743 <p>
1743-Change the UFF type of the Fe atom to "Fe2+ octahedral".
1744+Fe の UFF タイプを "Fe2+ octahedral" に変更します。
17441745 </p>
17451746 <p><img src="../etc/ferro_13.png" /></p>
17461747 <p>
1747-Click on the "Bonds" label, and change the "r0" parameter of the two bonds of "##-fe" or "fe-##" type ("##" represents the pi anchor). This should be the metal-pi distance, which is 1.66 &Aring; for ferrocene.
1748+"Bonds" ラベルをクリックし、"##-fe" または "fe-##" タイプの結合の "r0" パラメータの値を変更します("##" は pi anchor を意味します)。この値は金属-π結合の距離です。フェロセンの場合は 1.66 &Aring; になります。
17481749 </p>
17491750 <p><img src="../etc/ferro_14.png" /></p>
17501751 <p>
1751-The "Angle" page should also be edited. The "a0" parameter is set to 90.0 for the "fe-##-ca" type angles (ten lines from the top), and 180.0 for the "##-fe-##" type angle (the last line).
1752+"Angles" ページも編集が必要です。今回は手動で金属原子を作成したため、角度が正しくなっていないからです。"fe-##-ca" タイプの角度は 90.0(上から10行分)、"##-fe-##" タイプの角度は 180.0(一番下の行)にします。
17521753 </p>
17531754 <p><img src="../etc/ferro_15.png" /></p>
17541755 <p>
1755-Hit the "Guess UFF Parameters..." button to complete the calculation of the UFF parameters.
1756+"Guess UFF Parameters..." ボタンを押して、UFF パラメータの計算を行います。
17561757 </p>
17571758 <p><img src="../etc/ferro_16.png" /></p>
17581759 <p>
1759-You can now try the MM/MD calculation. Energy minimization results in an eclipsed conformation. MD at 298K shows that the Cp rings freely rotate at this temperature.
1760+これで MM/MD 計算を試すことができます。エネルギー最小化を行うと、重なり型の配置が得られます。298K で MD を行うと、Cp 環がこの温度で自由回転していることがわかります。
17601761 </p>
17611762 <p><img src="../etc/ferro_17.png" /></p>
17621763 </div>
@@ -2085,6 +2086,106 @@ On this dialog, you can choose the appearance of the atoms and bonds. The orient
20852086 </div>
20862087 <div class="contents" lang="ja">
20872088 <h1>第十段階:結晶構造を取り扱う</h1>
2089+<p>
2090+単結晶X線構造解析は、分子構造の重要な情報源です。Molby は、結晶情報ファイル (CIF) を読み込み、構造データを取り扱うことができます。回折データから構造解析を行うことはできませんが、結晶構造を表示したり調べたりするのに便利な機能を持っています。
2091+</p>
2092+<h2>1. CIFデータの読み込み</h2>
2093+<p>
2094+"File" メニューから "Open..." コマンドを選び、ファイルタイプとして "Crystallographic Information File (CIF)" を選択します。
2095+</p>
2096+<p><img src="../etc/xtal_01.png" /></p>
2097+<p>
2098+CIF を選んで "Open" を押します。CIF の中の分子は、対称操作で関連づけられた原子との間に結合を持っていることがあります。このような場合は、下のダイアログが表示されます。
2099+</p>
2100+<p><img src="../etc/xtal_02.png" /></p>
2101+<p>
2102+分子が無限鎖でなく、自分自身の中に結晶学的な対称性を持っている場合は、2番目の選択肢(これが標準です)でうまくいきます。分子が無限鎖の場合は、1番目の選択肢の方が合理的です。また、対称操作で分子を拡大する機能は後でも使うことができますので、この段階では「外との結合」を無視する(3番目の選択肢)ことにしても構いません。
2103+</p>
2104+<p>
2105+対称操作によって拡大すると、分子は下のようになります。暗い色で表示されているのは、対称操作によって作られた原子です。
2106+</p>
2107+<p><img src="../etc/xtal_03.png" /></p>
2108+<p>
2109+Molby の内部では、すべての原子座標は直交座標で扱われています。しかし、単位格子内の部分座標も計算することができます。属性テーブルで "xtal coords" を選ぶと、部分座標と占有数・温度因子を表示できます。
2110+</p>
2111+<p><img src="../etc/xtal_04.png" /><img src="../etc/xtal_05.png" /></p>
2112+
2113+<h2>2. 結晶構造を調べる</h2>
2114+<p>
2115+結晶構造を調べるためのコマンドは "Xtal" メニューにあります。
2116+</p>
2117+<p><img src="../etc/xtal_06.png" /></p>
2118+<h3>2-1. 単位格子</h3>
2119+<p>
2120+"Unit Cell" コマンドは、単位格子のパラメータを設定するのに使います。原点と単位格子の軸ベクトルを直接設定することもできます。
2121+</p>
2122+<p><img src="../etc/xtal_07.png" /></p>
2123+<h3>2-2. 対称操作</h3>
2124+<p>
2125+"Symmetry Operation" コマンドでは、対称操作を追加・削除したり、空間群を設定したりできます。
2126+</p>
2127+<p><img src="../etc/xtal_08.png" /></p>
2128+<p>
2129+"Select..." ボタンを押すと、もう一つ別のダイアログが開きます。ここでは、あらかじめ定義された空間群を選択することができます。230 の空間群すべてがいろいろな原点・軸の設定で登録されています(すべての選択肢が網羅されている訳ではありませんが)。
2130+</p>
2131+<p><img src="../etc/xtal_09.png" /></p>
2132+<h3>2-3. 対称操作による拡大</h3>
2133+<p>
2134+"Complete by Symmetry" コマンドは、非対称単位内の分子の部分を対称操作によって拡大するために使います。これは、CIF を読み込む時のオプションと同様に機能しますが、結果は少し違うこともあります。(その理由は、"Complete by Symmetry" コマンドでは、異なる非対称単位中の原子間の結合の有無を、結合距離から推測するためです。CIF 読み込みの場合は、CIF に書かれた結合の情報を使います。)
2135+</p>
2136+<p><img src="../etc/xtal_10.png" /></p>
2137+<p>
2138+"Create Packing Diagram" コマンドは、指定した部分座標の範囲(標準は単位格子全体)に存在する原子を対称操作によって生成します。
2139+</p>
2140+<p><img src="../etc/xtal_11.png" /><img src="../etc/xtal_12.png" /></p>
2141+<p>
2142+"Show Periodic Image" コマンドは、新しく原子を作るのではなく、単位格子の繰り返しイメージを画面上で表示するためのものです。
2143+</p>
2144+<p><img src="../etc/xtal_13.png" /><img src="../etc/xtal_14.png" /></p>
2145+<p>
2146+"Remove Expanded Atoms" コマンドは、対称操作によって生成された原子を削除します。2つのオプションがあります。1つは、すべての生成原子を削除するものです。もう1つは、拡張原子のみから成る部分分子を削除するものです(この場合、元の原子と同じ分子に属する拡張原子はそのまま残されます)。
2147+</p>
2148+<p><img src="../etc/xtal_15.png" /></p>
2149+<p>
2150+結果は下のようになります。"Show Periodic Image" で表示している繰り返しイメージはまだ表示されていることに注意してください。これは拡張原子ではないため、削除はされません。(このイメージを消すには、"Show Periodic Image" コマンドで表示を無効にしてください。)
2151+</p>
2152+<p><img src="../etc/xtal_16.png" /></p>
2153+
2154+<h3>2-4. 結合・角度・最適平面</h3>
2155+<p>
2156+"Bonds and Angles with Sigma..." コマンドは、原子間の距離・角度を標準偏差付きで計算するものです。
2157+</p>
2158+<p><img src="../etc/xtal_17.png" /></p>
2159+<p>
2160+"Add Bond" または "Add Angle" ボタンを押して新しいエントリーを作り、それからメインウィンドウで原子を1つずつクリックして指定します。例えば、"Bond" を1つ、"Angle" を1つ作ると、下のようになります。直接結合されていない原子を指定することもできます。
2161+</p>
2162+<p><img src="../etc/xtal_18.png" /></p>
2163+<p>
2164+計算結果を他のソフトウェアで使うためには(例えばワードプロセッサにペーストする場合)、表の行を選択して "Export to Clipboard" ボタンを押してください。計算結果はプレーンテキストでコピーされ、他のアプリケーションにペーストできるようになります。
2165+</p>
2166+<p><img src="../etc/xtal_19.png" /><img src="../etc/xtal_20.png" /></p>
2167+<p>
2168+"Best-Fit Planes" コマンドは、最適平面を計算し、二面角や原子・平面間距離を計算するのに使います。ダイアログが開いたら、指定したい原子をメインウィンドウで選択して "Set Current Selection" ボタンを押してください。
2169+</p>
2170+<p><img src="../etc/xtal_21.png" /></p>
2171+
2172+<h3>2-5. ORTEP 描画</h3>
2173+<p>
2174+"Show ORTEP" コマンドは、下のようなウィンドウを開きます。
2175+</p>
2176+<p><img src="../etc/xtal_22.png" /></p>
2177+<p>
2178+ORTEP 描画は、ORTEP-III プログラムで作成しています。この結果を使う時には、下のように引用してください。
2179+</p>
2180+<ul>
2181+<li>
2182+Burnett, M. N.; Johnson, C. K. <i>ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations,</i> Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895, 1996.
2183+</li>
2184+</ul>
2185+<p>
2186+このウィンドウで、原子や結合の表示方法を指定することができます。分子の向きは、メインウィンドウでの向きとだいたい同じです(完全に同じとは言えませんが)。描画結果は、ORTEP 入力ファイルで書き出すことができます。また、グラフィックファイル(EPS, PNG, TIFF)で書き出すこともできます。ビットマップ型 (PNG, TIFF) で書き出す時には、解像度は 360 dpi になります。
2187+</p>
2188+<p><img src="../etc/xtal_23.png" /></p>
20882189 </div>
20892190 <link id="#navigation" />
20902191 </div>
旧リポジトリブラウザで表示