Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2007年 10月 23日 (火) 17:37:45 JST
g. 1.7.6リリースしました。GenomeProjector系メソッド統合と、 G::Seq::PatSearch系の強化がメインです。詳しくは以下を参照 してください。 http://www.g-language.org/wiki/changelog 多機能かつ高速（正規表現をruntimeにコンパイルしてから検索）な オリゴ配列検索関数 oligomer_search()を追加しました。オリゴ配列の 位置、種類、方向性などを、拡張塩基コード（acgturymkdhbvwsn）、 あるいは正規表現を使って検索できます。 例えば、インフルエンザ菌のχ配列を表と裏で検索するには say oligomer_search($gb, "g.tggtgg|g[cg]tggagg", -return=>"distribution"); で６通り全部探せます。 拡張塩基コードの例としては、dnaAboxを探すには say oligomer_search($gb, "ttwtncaca"); でokです。 G::Seq::PatSearchクラスはだいたいこの関数に依存するようになった ので、oligomer_counter()でも拡張塩基コードや正規表現が使えます。 これに関連して以下の変更があります。いずれも詳しくはhelpをみてください。 追加： ・find_ter() Terのバインディングサイトを見つけます。 変更： ・leading_strand() arrayコンテキストで呼ばれると従来通り左右それぞれのarmの塩基配列を返します。 scalarコンテキストで呼ばれると、左右のarmを繋げた配列を返します。 ・find_ori_ter() 大域サーチによっておおまかに絞り込み、局所サーチで詳細を見ることに よって大幅に高速化しました。 ・find_dif() さまざまな生物のdif配列に対応。 削除： ・find_seq() say oligomer_search($gb, $oligo, -return=>"distribution"); で代用可。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099
