From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Tue Oct 23 17:37:45 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Tue, 23 Oct 2007 17:37:45 +0900
Subject: [Glang-users] 1.7.6 released.
Message-ID: <8EA3ADBC-5513-4F74-9A1A-EC84D6E69843@sfc.keio.ac.jp>

g.

1.7.6リリースしました。GenomeProjector系メソッド統合と、
G::Seq::PatSearch系の強化がメインです。詳しくは以下を参照
してください。
http://www.g-language.org/wiki/changelog


多機能かつ高速（正規表現をruntimeにコンパイルしてから検索）な
オリゴ配列検索関数  oligomer_search()を追加しました。オリゴ配列の
位置、種類、方向性などを、拡張塩基コード（acgturymkdhbvwsn）、
あるいは正規表現を使って検索できます。

例えば、インフルエンザ菌のχ配列を表と裏で検索するには
say oligomer_search($gb, "g.tggtgg|g[cg]tggagg", -return=>"distribution");
で６通り全部探せます。

拡張塩基コードの例としては、dnaAboxを探すには
say oligomer_search($gb, "ttwtncaca");
でokです。

G::Seq::PatSearchクラスはだいたいこの関数に依存するようになった
ので、oligomer_counter()でも拡張塩基コードや正規表現が使えます。

これに関連して以下の変更があります。いずれも詳しくはhelpをみてください。


追加：
・find_ter()
Terのバインディングサイトを見つけます。

変更：
・leading_strand()
arrayコンテキストで呼ばれると従来通り左右それぞれのarmの塩基配列を返します。
scalarコンテキストで呼ばれると、左右のarmを繋げた配列を返します。

・find_ori_ter()
大域サーチによっておおまかに絞り込み、局所サーチで詳細を見ることに
よって大幅に高速化しました。

・find_dif()
さまざまな生物のdif配列に対応。



削除：
・find_seq()
say oligomer_search($gb, $oligo, -return=>"distribution");
で代用可。


Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099 



From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Tue Oct 30 21:51:26 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Tue, 30 Oct 2007 21:51:26 +0900
Subject: [Glang-users] MacOS X Leopard compatible version available!!
Message-ID: <17B9507F-1594-46B7-B64B-6A0EEBE52312@sfc.keio.ac.jp>

g.

MacOS X Leopard (10.5)対応版リリースしました：）
というか、普通にそのまま動作確認とれました。
http://www.g-language.org/wiki/software
OSアップデート、クリーンインストール＋移行アシスタントの場合
でも普通に動作します。

大文字／小文字を区別したファイルシステムの場合だけ若干不具合が
あります。また、アップデータ（隠し機能）が作動しません。

この辺を修正し、開発中の1.8.0を含むリリースを１１月中に
リリースする予定です。



Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099


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