From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Sun Jul  8 04:47:54 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Sun, 8 Jul 2007 04:47:54 +0900
Subject: [Glang-users] v.1.6.13
Message-ID: <26828511-2B07-4D2A-82EF-5BFDD5820792@sfc.keio.ac.jp>

g.

v.1.6.13リリースしました。変更は以下の通り。1.6.x系統の
最終リリースになる予定です。いくつか重要な変更があります。

1. cum_gcskewを将来的に廃止にします。このバージョンから
　cum_gcskewの使用にwarningがでるようになりました。
　gcskew($gb, -cumulative=>1)を代わりに使用してください。

2. GCSIを実装しました。詳細は以下の論文を見てください。
Arakawa K, Tomita M, "The GC skew index: a measure of genomic compositional asymmetry and the degree of replicational selection", Evolutionary Bioinformatics, 2007, in press.

3. find_ori_ter()に-filterオプションを追加しました。高速フーリエ変換
　を用いたローパスフィルタを適用できるようになりました。
　詳細は以下の論文を見てください。
Arakawa K, Saito R, Tomita M, "Noise-reduction filtering for accurate detection of replication termini in bacterial genomes", FEBS Letters, 2007, 581(2):253-258.


Changelog:
1.6.13   2007.07.07
        -enabled searching for all modules with help -s|-g|-b
         without any keyword
        -G::Tools::GMap::generateGMap stopped tiling in the x-direction by default
        -moved view_cds from G::Seq::GCskew to G::Seq::Util
        -fixed the appearance of help -g
        -tidying up of the codes of G::Seq::Util
        -added -cumulative option for gcskew(), and cum_gcskew() is deprecated.
        -added gcsi()
        -added -filter option to find_ori_ter()



From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Tue Jul 10 00:32:44 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Tue, 10 Jul 2007 00:32:44 +0900
Subject: [Glang-users] v.1.7.x
Message-ID: <9EB8177F-3E0C-4C7E-B413-9A4E66D73D31@sfc.keio.ac.jp>

g.

今日中にv.1.7.0をリリースしますが、v.1.7.xはしばらく大幅に
コアモジュールを改良するので、最初の方のリリースはかなり
不安定になる可能性が高いです。今までのGになかった、v.2の
特色とも言える機能の統合がメインになりますので、安定して
くるまでアナウンスはglang-develに投げます。興味ある人は
そっちをチェックしてください。

v.1.7.xのロードマップは以下の通りです。
・GDBI (orochi）の統合
・BDB（Bluebird）の統合
・GCE（Infinity）の統合
・WIF（Inspire）の統合
・GUI機能の統合

これに付随して、要求するシステムのレベルが結構あがって
しまいそうです。perlは5.8以上、LinuxもFedore 3以降くらい
をターゲットにします。RedHat 9以前では動作しなくなる
可能性が高いです。

Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099 



From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Fri Jul 20 09:41:47 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Fri, 20 Jul 2007 02:41:47 +0200
Subject: [Glang-users] 1.7.1
Message-ID: <552DE9FF-BF82-40B9-9A8A-146E2AC3FA0E@sfc.keio.ac.jp>

g.

BOSC発表前にG-language Shell周りのバグが見つかったため、
急遽1.7.1をリリースしました。

このバージョンからperl 5.8が必要になっています。

いまのところこれが一番stableなリリースです。




Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099