ダウンロードリスト

プロジェクト概要

MCL エッジは、大規模ネットワーク分析の統合、コマンドライン駆動のワークベンチです。直径、クラスター係数、トポロジー、およびネットワークのごまかしの最短経路の計算のためのプログラムが含まれています。読み込みおよびネットワークの定める遺伝子発現データを分析するためのモジュール。MCL アルゴリズムは確率的フローに基づくネットワークの高速かつ拡張性の高いクラスター アルゴリズムです。アルゴリズムによって採用フロー プロセスは数学的に音と本質的にプロセスの跡として明らかにされるクラスター構造に結びついています。スレッドの実装では、時間以内に何百万ものノードのネットワークが処理し、バイオインフォマティクス、グラフ クラスタ リング、およびネットワーク解析の分野で広きます。
プロジェクトのリリース情報やプロジェクトリソースの情報です。
注: プロジェクトリソースの情報は Freecode.com ページからの引用です。ダウンロードそのものは、OSDNにホスティングされているものではありません。

2010-07-20 21:51
10-201

クラスタリングプログラムMCLは今、かなり高速なメモリ管理コードの最適化によるものです。また、これは疎行列/ベクトル乗算よりも高速ですバニラ行列/ベクトルの乗算を利用する。速度の向上は6倍にグラフのサイズとエッジの密度に応じて少し下に、二重の範囲です。大速度の増加は、ノードの数十万までのサイズのグラフを得ることができる。グラフ照会プログラムは、いくつかの辺の重みを出力と要約統計量のオプションを取得したドキュメントが修正されて更新されます。
タグ: Major feature enhancements
The clustering program mcl is now considerably faster due to optimizations in the memory management code. Additionally, it utilises vanilla matrix/vector multiplication where this is faster than sparse matrix/vector multiplication. The speed gains range from slightly below twofold to sixfold depending on graph size and edge density. Large speed increases may be obtained for graphs of sizes up to several hundred thousands of nodes. The graph query program has acquired several edge weight output and summary statistics options, and documentation was fixed and updated.

2010-05-29 06:52
10-148

クラスタリングプログラムは多少速くなって、表形式のデータからネットワークを作成するためのプログラムがより可能となっているとスイートparallelisationサポート全体が改善され、合理化された。グラフの変換は、現在、多くのプログラムをご利用いただけます単一の仕様の言語であり、多くの変換が追加されました。
The clustering program is somewhat faster now, the program for creating networks from tabular data has become more capable, and throughout the suite parallelisation support was improved and streamlined. Graph transformations are now available to many programs in a single specification language, and more transformations have been added.

2009-11-05 01:58
mcl-09-308

このリリースでは、さまざまな最先端の重量ヒューズの統計情報を生成するネットワークの解析プログラムを追加します。遺伝子発現データを解析し、相互のk近傍-隣人ネットワーク削減オプションが更新されているが追加されました。いくつかのあいまいなオプションが削除され、別のクラスタリングとネットワークの解析プログラム間の統合が強化されました。
タグ: Feature Enhancements
This release adds a network analysis program that generates statistics at different edge weight cutoffs. The gene expression data parser has been updated, and a mutual k-nearest-neighbour network reduction option was added. Some obscure options were removed and integration between the different clustering and network analysis programs was tightened.

2009-09-18 23:15
09-261

このリリースを読むとmRNAの配列データを変換するためのサポートが向上します。 MCLオプションは、入力グラフsparsifyするための分析モードをオフに分割されて、今ではclmのプログラムでは、モードとして利用可能です取得しています。バグmclで導入された- 09 - 182は、クラスタの解釈ルーチンで修正されています。 mcxプログラムが両方のノードの離心率とbetweenness中心複数のマシンで複数のスレッドを並列計算することができます。マイナーな改善プログラムのスイート全体を通じて行われている。
タグ: Major
This release improves support for reading and transforming mRNA array
data. MCL has acquired an option to sparsify input graphs, and analysis
modes have been split off and are now available as a mode in the clm
program. A bug introduced in mcl-09-182 in the cluster interpretation
routines has been fixed. The mcx program can now compute both node
eccentricity and betweenness centrality parallelized over multiple
machines and multiple threads. Minor improvements have been made
throughout the entire suite of programs.

2008-06-05 23:05
08-157

mclスイートの一般的な目的は、大規模なグラフの解析に広く焦点を向けて、重点を置いて、クラスタリング以外に移動されると、基本的なグラフ上の措置と変換のクラスタリング。プログラムmcxarrayすぐにグラフに入力に表形式の遺伝子発現データを変換することができます。 clmのユーティリティ、およびbetweenness中心のクラスタリング係数は、直径や偏心を計算します。数多くの修正および改善を通じて行われた。
タグ: Major feature enhancements
The mcl suite is moving towards a wider focus on
general purpose large scale graph analysis, with
the emphasis, besides clustering, on basic graph
and clustering measures and transformations. The
program mcxarray can now transform tabular gene
expression data into graph input. The clm utility
computes clustering coefficients, diameter and
eccentricity, and betweenness centrality. Many
fixes and improvements were made throughout.

プロジェクトリソース