EncFS は、パススルーな暗号化ファイルシステムで、Linux のユーザスペースで動作します（FUSEカーネルモジュールを使用）。CFS やその他のパススルーなファイルシステムと同じように、すべてのデータは暗号化され、下層のファイルシステムに格納されます。ループバックファイルシステムとは異なり、事前に決められたファイルシステムのサイズ制限はありません。
