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プロジェクト概要

BioJavaはバイオインフォマティクスのアプリケーションの迅速な開発のためのJavaコンポーネントの包括的なセットを提供することを目指します。これには、他の重要なバイオインフォマティクスの概念、機能シーケンスを表すためのインターフェイスが含まれます。また、様々な共通フォーマットのシーケンスデータを読み書きし、EnsemblのデータベースとDASとBioCorbaサーバーと通信することができます。
プロジェクトのリリース情報やプロジェクトリソースの情報です。
注: プロジェクトリソースの情報は Freecode.com ページからの引用です。ダウンロードそのものは、OSDNにホスティングされているものではありません。

2002-03-15 16:35
1.21

このリリースでは一般BioSQL配列データベースの目的をシーケンスデータストレージ(読取りおよび書込み)が含まれて行方不明Blast2Htmlデモを追加し、様々なドキュメントの修正が含まれます。
タグ: Minor feature enhancements
This release includes general-purpose sequence data storage in BioSQL sequence databases (read and write), adds the missing Blast2Html demo, and includes various documentation fixes.

2002-02-13 17:41
1.20

BioJava 1.2ブラスト出力と、シーケンスファイルの形式については、パーサーにはかなりの強化が含まれます。また、これは、Javaバイトコードに隠れマルコフモデルをコンパイルすることができます向上動的プログラミングパッケージ、およびサポートの注釈システム1.00分散。
タグ: Major feature enhancements
BioJava 1.2 includes considerable enhancements to the parsers for
Blast output and sequence file formats. There's also an improved
dynamic programming package, which can compile Hidden Markov Models to
Java bytecode, and support for the Distributed Annotation System 1.00.

2001-02-16 21:48
1.10

シーケンスデータを、ブラストとFASTA出力、生物学的なシーケンスの組み立てのためのサポート、および変更を通知し、拒否権行使のための広範なイベントモデル用のパーサー用プラグインのI / Oフレームワークです。
タグ: Major feature enhancements
Pluggable I/O framework for sequence data, parsers for Blast and FASTA output, support for assembly of biological sequences, and a pervasive event model for change notification and veto.

2001-01-30 15:12
1.01

いくつかのバグのjavac 1.3とJBuilderでコンパイルすると修正されました。 FASTAのファイルに長い説明文2行のサポートが追加されました。 SimpleDistributionsすぐに適切に訓練することができます。
Some bugs were fixed with compiling with javac 1.3 and JBuilder. Support for longer description lines in FASTA files was added. SimpleDistributions can now be trained properly.

2001-01-30 15:12
1.0

最初のリリース。
Initial release.

プロジェクトリソース