まだ水平位置についてしか調べていませんが,次のソースを走らせてみました:
\mag 0500 \ifdefined\pdfoutput \pdfoutput0 %%% \ifnum\pdfoutput=1 \pdfhorigin1truein \pdfvorigin1truein \fi \fi \setbox0=\hbox{\noindent\pdfsavepos% \vrule depth1truein height0pt width1pt\kern-1pt \vrule width1truein height0pt depth1pt} \shipout\box0 \message{\the\pdflastxpos} \bye
2ページ目の罫線は,pdf では 左上隅から 1truein ずつずれたところに,1 truein の長さで引かれます.
\message の結果は 9472573 (1 truein) です.
そのため,「現行の仕様は pdftex の dvi モードと同様なので,直さない」と言うこともできるかもしれませんし, 「pdftex の dvi モードもろとも直す」という選択肢もあるでしょう.
なるほど……。調査ありがとうございます。
「pdftex の dvi モードもろとも直す」というのが理想的かと思いますが,今さら直すというのもちょっと影響が大きいかもしれませんね。
TeX & LaTeX Advent Calendar 2016 の VoD氏の記事に詳細が報告されていますように,\mag が用いられたときの \pdfsavepos の原点位置が,
の分だけずれており,TeXconf16 でのh7kさんの発表資料21ページに表明されている仕様とは異なる値になっているようです。